Studio della struttura della comunità batterica di un suolo olandese mediante metodi molecolari

La struttura della comunità batterica residente in un suolo olandese di natura franco-limosa proveniente da una parcella sperimentale è stata investigata mediante tecniche di biologia molecolare. L'indagine ha riguardato campioni da prelievo superficiale e lungo il profilo, e aggregati strutturali di suolo di dimensione decrescente (da 4 a < 0.063mm) frazionati mediante setacciamento umido e centrifugazione. Il DNA totale della popolazione batterica è stato estratto utilizzando la tecnica dell'estrazione diretta (lisi in situ con rilascio di DNA) e, successivamente è stato purificato mediante precipitazione con ClCs e filtrazione attraverso colonnine cromatografiche Wizard@DNA Clean-up System. Dopo amplificazione del materiale genetico per mezzo della reazione a catena della polimerasi (PCR), i frammenti sono stati separati mediante elettroforesi su gel di poliacrilammide con gradiente di denaturante (DGGE). I profili elettroforetici ottenuti, il cui bandeggio riflette la struttura molecolare della popolazione batterica del suolo indagato, hanno evidenziato una presenza ubiquitaria e costante di un numero limitato di specie batteriche dominanti, indipendentemente dalla loro localizzazione nel suolo.